媒体传播实验教学示范中心实行开放式运行管理，各下属实验室根据实验课教学和教学研究的需要，允许学生在课余或周末利用实验室的资源，或做补充性和扩展性实验学习，或参加由教师组织的实验改进项目等。现代分析分离技术研究所在保障实验教学需要的前提下，积极为学校和社会提供服务。
中心各实验室由专人管理，并制定有相应管理制度。要求做到：时间开放（学生申请实验时间，实验室按约定安排）、内容及过程开放（提供可选择的项目或学生自拟实验项目，并提供条件满足一些学生个性化实验）、范围开放（实验室面向全校学生的化学实验、毕业设计及科学研究）。中心在管理方面强调制度化建设，建立和健全了岗位责任制，已经陆续建立、修订了一系列规章制度，使实验室的安全、卫生、实验准备、仪器的购置等日常各项工作都有章可循。如制定了《学生实验守则》、《实验室安全管理制度》、《实验室开放管理规定》、《化学实验教学示范中心剧毒品管理办法》等规章制度，形成了学生评估、督导评估和同行评估三位一体的全面教学质量管理体系和质量保证系统。
中心定期对实验室工作人员的工作量、工作业绩和教学服务水平进行考核，制定了相应考核办法。中心专职人员实行坐班制，按时上班，保证实验室正常开放；指导教师按分项负责，参加指导实验和安排必要的实验室值班工作；定期开展安全教育，检查各实验室防火、防爆、防盗等安全措施的落实情况；从而保障实验教学工作的正常进行。中心以实验教学为重，在保证实验教学经费够用的前提下支配经费。学校按实验中心承担的实验教学任务分年度下拨实验教学经费，保证实验中心实验教学及相关日常工作的正常进行。
为保证实验教学质量，保证实验教学的正常运行，中心采取了一系列措施加强实验教学环节质量的监控，建立了比较完善的实验教学质量保障体系。
（1）制度保障。学校先后制定了《黄冈师范学院实验室规则》、《黄冈师范学院实验工作人员职责》、《黄冈师范学院学生实验守则》、《黄冈师范学院实验工作检查实施办法》、《关于加强实验室建设和实验教学工作的通知》、《黄冈师范学院关于加强实验教学改革的实施意见》等文件，从制度上进一步规范实验教学过程，保证实验教学质量。
（2）学期期末实验教学质量评价。学校每学期期末将对实验教学的课堂教学质量进行考评，考评方式由学生问卷考评和实施网上考评相结合，使得考评更为全面、准确，得到学生对实验教学的反馈信息更加翔实丰富。学校指定了《关于对实验教学人员进行教学质量考评问卷的通知》、《实验教师教学质量考评标准》等，实现了对教师的考评与奖惩挂钩，对实验考评等级为较差的教师和考评中反应存在的较大问题给予通报。
（3）不定期召开专门的实验教学研讨会，研究实验室建设现状，解决实验教学环节存在的问题，讨论开放性实验室管理，加强实验课排课管理，加强学生实验考核和实验师资队伍建设等等。